Как сообщили в КНЦ СО РАН, ученые из Красноярска, Новосибирска и Москвы и их коллеги из-за рубежа при помощи суперкомпьютера Межведомственного суперкомпьютерного центра Российской академии наук разрабатывают медицинские препараты для диагностики и терапии коронавирусной инфекции.«В составе нашей географически распределенной команды есть врачи-вирусологи, биологи, химики, математики и физики. Но только объединив совместные усилия, мы можем быстро реагировать на стремительно меняющуюся картину мировой эпидемии COVID-19. Наш коллектив надеется, что проведенные исследования смогут оказать реальную помощь в борьбе с распространением подобных инфекций», — поясняет Анна Кичкайло, заведующая Лабораторией цифровых управляемых лекарств и тераностики Федерального исследовательского центра «Красноярский научный центр СО РАН.
По её словам, основная идея проекта - с помощью методов молекулярного моделирования сделать компьютерный «дизайн» медицинского препарата, избирательно взаимодействующего с рецептор-связывающим доменом Spike-белка коронавируса штамма SARS-CoV-2. Результаты теоретических расчетов и компьютерного моделирования затем будут проверены экспериментально на белках, вирусах и клетках.
В рамках реализации проекта с помощью суперкомпьютерного моделирования детально изучается взаимодействие Spike-белка на поверхности коронавируса с его мишенью в человеческом организме – белком АПФ2 (ACE2, Angiotensin-converting enzyme 2). АПФ2 служит входными воротами для коронавирусов типов SARS и SARS-2, поэтому блокирование взаимодействия этого белка с вирусом является одним из перспективных путей снижения вирусной активности в теле человека. Для оценки энергий связывания данных белков проводятся масштабные молекулярно-динамические и квантово-химические расчеты комплексов белков вируса и человека, отмечают ученые.
