Сергей Авдеев уроженец Новосибирска, ему 51 год, в профессии – 27 лет. Службу в таможенных органах начал в Новосибирской таможне с должности инспектора отдела технических средств таможенного контроля и связи. За время работы был заместителем начальника Новосибирского таможенного поста, начальником Калининского таможенного поста и более шести лет являлся первым заместителем начальника Новосибирской таможни по таможенному контролю.
С 2015 года руководил Хакасской таможней, а с 6 мая 2020 года полковник таможенной службы Сергей Авдеев назначен на должность начальника Новосибирской таможни.